Program studi S1-PAI Sekolah Tinggi Agama Islam (selanjutnya disebut program studi S1-PAI STAI Muttaqien) merupakan program studi tertua yang keberadaannya berbarengan dengan didirikannya STAI DR. KHEZ Muttaqien. Latar belakang dibukanya program studi tersebut adalah adanya kebutuhan masyarakat yang sangat mendesak terhadap mutu pendidikan, perbaikan kondisi masyarakat dari gejala degradasi moral, dan tersedianya pendidik muslim yang profesional. Dengan mendasarkan pada latar belakang tersebut program studi S1-PAI menghendaki para lulusannya berkompeten dan penguasaan landasan dan wawasan pendidikan, penguasaan substansi kajian pendidikan dan pengembangan kepribadian dan keprofesionalan

Dalam perjalanannya program studi S1-PAI STAI Muttaqien terus melakukan pelbagai pengembangan-pengembangan baik di bidang sarana dan prasarana, layanan akademik maupun tata kelola. Dalam hal komposisi dosen sudah didukung oleh jumlah dosen senior berpangkat profesor, doktor yang turut memperkuat eksistensi STAI DR. KHEZ. Muttaqien Purwakarta. program studi S1-PAI STAI Muttaqien telah melahirkan alumni yang berkiprah cukup baik dimasyarakat baik di instansi pemerintahan maupun swasta, terutama dibidang pendidikan madrasah/ sekolah maupun pesantren.

Program studi S1-PAI STAI DR. KHEZ. Muttaqien ini mempunyai orientasi visi, misi, sasaran, dan tujuan yang diharapkan tidak hanya mampu memberikan output yang sesuai dengan standar akademik yang ditentukan, tetapi juga mampu memenuhi kualifikasi pasar kerja yang kelak akan memanfaatkan output itu, baik di kalangan internal maupun masyarakat luas.